Terdapat 8 versi bendera yang pernah digunakan oleh Borneo Utara British, enam (6) daripadanya adalah mengikuti lambang Syarikat Berpiagam Borneo Utara British. Lambang awal Borneo Utara berlatarkan "Seekor singa garang yang menjaga didalam bidang bulat berwarna kuning" dan "dua lengan (satu lengan kolonial dan satu lagi lengan pribumi) yang memegang teguh bendera tertera seekor singa didalamnya".[3]

Waran laksamana pada tanggal 5 Januari 1882 telah mengiktiraf penggunaan bendera Union Jack, Panji Biru dan Panji Merah. Penggunaan panji-panji adalah seperti berikut:

1. Union Jack: Bendera utama apabila tiba dan berlepas.
2. Panji Biru: Untuk tujuan ketenteraan bukan tujuan perdagangan.
3. Panji Merah: Untuk kapal dagang.
4. Panji Biru: Untuk kapal tentera.

Garis masa penggunaan

1. 5 Januari 1882: Bendera kuning Gabenor.
2. 18 Oktober 1937: Wangsa laksamana memberitahu Pejabat Kolonial bahawa Pejabat Dominion berkenan untuk meminda Buku Bendera Laksamana dari bendera Syarikat Berpiagam Borneo Utara British kepada Borneo Utara.
3. Julai 1946: Berikutan pembatalan Negara Borneo Utara, Yang Mulia Raja Britain berkenan menyerap masuk Borneo Utara sebahagian daripada wilayah jajahan mahkota British.
4. 30 Januari 1947: Cadangan bagi penggunaan Jata Koloni mesti bersandarkan kepada reka bentuk jata Syarikat SBUB terdahulu, dan ditambah huruf "T" di dada layar kapal, bermaksud penyeragaman am Divisi ke-9 Australia keatas wilayah.
5. 8 Februari 1949: Waran Diraja kembali.
6. 24 Oktober 1949: Hak syarikat SBUB dicairkan.
7. Jata baru bendera dengan lengan padu, didalam bulatan putih didalam Panji Biru, dilingkari dengan jaringan bendera Union Jack. Ini menunjukkan Borneo Utara sebahagian dari koloni maka tidak perlu lagi Panji Merah.
8. 2 Mei 1952: Perubahan reka bentuk bendera supaya sama dengan bendera Ketua Adat.

Bendera dan jata Borneo Utara (1882)

Bendera Borneo Utara 1882.Jata Borneo Utara 1882.

Bendera dan jata Borneo Utara (1882) dikenali sebagai "Bendera kuning Gabenor".[4]

Bendera dan jata Tanah Jajahan Mahkota British Borneo Utara (1946)

Bendera Tanah Jajahan Mahkota British Borneo Utara 1946.Jata Tanah Jajahan Mahkota British Borneo Utara 1946.

Bendera dan jata negeri Sabah tahun 1963-1982

Bendera negeri Sabah dari tahun 1963-1982.Jata negeri Sabah dari tahun 1963-1982.

Pada tanggal 31 Ogos 1963, Sabah telah memilih benderanya dengan reka bentuk 4 jalur berwarna merah diatasnya warna putih, diatas warna kuning dan diatas warna biru, dan warna hijau canton denga gambar gunung berwarna coklat.

Maksud bendera yang direka pada tahun 1963 hampir sama dengan bendera terkini yang diguna pakai pada tahun 1988.

Bendera dan jata negeri Sabah 1982-1988

Bendera negeri Sabah dari tahun 1982-1988.Jata negeri Sabah dari tahun 1982-1988.

Diantara bendera tahun 1963 dan 1988 (bendera versi terkini), terdapat juga versi bendera lain yang turut diguna, diambil bermula tanggal 1 Januari 1982. Ia mempunyai seni reka yang jelas berbeza: warna biru bendera diatas wara putih dengan bentuk segi tiga berwarna merah yang terangkat. Bentuknya seakan-akan bendera Sarawak yang digunakan sehingga tanggal 31 Ogos 1988, dimana warna merah diatas warna putih dengan segi tiga berwarna biru yang terangkat.

Bendera negeri Sabah (1982–1988) telah dicipta pada tahun 1981 dibawah pentadbiran Parti Bersatu Rakyat Sabah (BERJAYA) dari tahun 1976 hingga 1985.

Bendera tersebut hampir sama dengan Bendera Filipina dan Bendera Republik Czech.